O MDS mantém, atualmente, acordos com o Banco Internacional para a Reconstrução e o Desenvolvimento (BIRD) e com 3 agências multilaterais da Organização das Nações Unidas (FAO, PNUD e UNESCO).

Os Projetos de Cooperação Técnica com organismos internacionais são coordenados pela Secretaria Executiva e executado pelas Secretarias Finalísticas em suas atribuições: na formulação, execução, avaliação e monitoramento de políticas de combate à pobreza e desenvolvimento social.

A Diretoria de Projetos Internacionais, da Secretaria Executiva, é a Unidade Gestora dos Projetos, responsável pela sua coordenação técnica e administrativa. Além disso, conduz as contratações e aquisições financiadas no todo ou em parte por recursos externos ou objeto de acordo de cooperação técnica com organismo internacional.